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Les défis - pas si nouveaux - à relever lorsqu'on parle du virus du SDRP
Il n'est pas nouveau que le virus du SDRP présente des caractéristiques importantes qui contribuent à la réapparition constante de la maladie dans les élevages de porcs, entraînant des problèmes sanitaires et des pertes économiques considérables. L'une de ces caractéristiques est sa capacité à muter rapidement et à devenir potentiellement plus grave et/ou même à infecter des animaux précédemment "immunisés" contre des variants différents de SDRP. C'est pourquoi, afin de connaître le "type" de SDRPv présent dans une exploitation - qu'il s'agisse d'un nouveau virus épidémique ou d'un virus "résident" - le génome du SDRPv est souvent analysé.
On procède généralement au séquençage d'une partie importante du SDRPv, le gène ORF5, afin de comprendre où se situe le virus dans l'évolution et comment il se compare aux virus précédemment détectés dans l'élevage ou dans les environs/la région.
Les informations fournies par le séquençage du SDRPv ont été largement utilisées sur le terrain pour
- comprendre quel virus est à l'origine des problèmes
- orienter sur l'origine de l'épidémie
- différencier les souches vaccinales des souches "résidentes"/nouvellement introduites
- pour le choix des vaccins, etc.
Récemment, la classification par "lignée" a été de plus en plus utilisée pour classer les virus. Cette méthode a été mise au point vers 2010 (Shi et al., 2010), lorsque le SDRPv a été divisé en 9 lignées différentes ; elle a été affinée lorsqu'elles ont été subdivisées en sous-lignées.
Une vérité qui dérange : séquencer un échantillon est-il suffisant ?
Le séquençage du SDRP n'est généralement pas bon marché, c'est pourquoi il est généralement réalisé dans des "situations spéciales" et non en routine (par exemple, lors de l'apparition de nouveaux foyers, après des cas d'inoculation du virus, etc.) En outre, dans ces situations, dans la grande majorité des cas étudiés pour le diagnostic, seul un échantillon ou un groupe d'échantillons est utilisé pour le séquençage, parmi les nombreux échantillons généralement prélevés dans l'élevage.
L'impact est que, dans de nombreux cas, les vétérinaires, les producteurs et d'autres personnels de santé animale utilisent souvent les informations provenant d'une seule séquence pour tirer des conclusions importantes concernant l'origine du virus (en particulier dans les nouveaux foyers), pour guider les enquêtes sur les foyers et pour informer les interventions futures.
Dans notre étude, nous voulions confirmer que, si nous séquencions plusieurs échantillons prélevés le même jour, ils fourniraient tous la même séquence ou des séquences suffisamment proches pour être considérées comme appartenant au moins à la même lignée virale. Nous voulions également essayer le séquençage du génome entier (WGS) en même temps que le séquençage de l'ORF5 pour voir si nous pouvions obtenir plus d'informations. Le WGS pourrait avoir l'avantage de fournir des informations sur l'ensemble du virus, alors que l'ORF5 est traditionnellement utilisé, mais il ne nous donne qu'une partie de l'histoire. Cependant, comme il s'agit d'un développement relativement récent et qu'il peut être coûteux (aux États-Unis, il coûte environ trois fois plus cher que le séquençage de l'ORF5), nous apprenons encore à l'interpréter, et notre "base de données" pour la comparaison est beaucoup plus petite que celle de l'ORF5.
Nous pensions que, compte tenu du taux de mutation rapide du SDRP et de la grande taille des élevages modernes de porcs, nous pourrions trouver plusieurs lignées de SDRP au sein d'un même événement d'échantillonnage, ce qui serait préoccupant. Un résumé graphique du raisonnement de notre étude est présenté dans la figure 1.
Figure 1. Illustration d'un exemple de l'approche courante actuelle pour déterminer le variant de SDRPv au sein d’un élevage (panneau de gauche) et de l'évaluation que nous proposons pour déterminer la variabilité des SDRPv résidents (panneau de droite).
Recherche du nombre de souches de SDRP que l'on peut trouver dans nos élevages
Nous avons inclus cinq élevages dans l'étude, 3 élevages de truies et 2 élevages d'engraissement, et nous avons collecté des échantillons mensuels pendant environ un an en utilisant différents types d'échantillons (raclages d'amygdales, fluides oraux, fluides de traitement). Nous avons toujours prélevé des échantillons aux mêmes endroits dans le bâtiment, répartis dans l'ensemble des installations, afin d'essayer d'obtenir une représentation aussi complète que possible de l'ensemble du site. Nous avons collecté jusqu'à 16 échantillons par site chaque mois, qui ont tous été analysés par PCR quantitative, et l'ORF5 a ensuite été séquencé dans les échantillons positifs.
Qu'avons-nous trouvé ?
Notre résultat le plus important est que, dans les conditions de terrain, nous avons pu détecter jusqu'à trois lignées de SDRPv différentes au cours d'un seul événement d'échantillonnage dans les élevages de sélectionneurs et jusqu'à deux dans les élevages d'engraissement (figure 2).
Figure 2. Sous-lignées de SDRPv trouvées dans les exploitations étudiées (1-5) pendant la durée de nos échantillonnages (en mois) pour les différents types d'échantillons.
| Événement de prélèvement | |||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Élevage | Type d'échantillon | 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 |
| 1 | Fluide de traitement | L1H | L1H | ||||||||||
| Raclage d'amygdales | |||||||||||||
| 2 | Fluide de traitement | L1H | L1H | L1A | L1H | L1H | |||||||
| L1H | |||||||||||||
| L8† | |||||||||||||
| Raclage d'amygdales | L1H | ||||||||||||
| 3 | Fluide de traitement | L1H | L1H | L1H | L1H | ||||||||
| Raclage d'amygdales | |||||||||||||
| 4 | Fluides oraux | L5† | L1A | ||||||||||
| L5† | |||||||||||||
| Raclage d'amygdales | L1A | L5† | L5† | L1A | |||||||||
| L5† | |||||||||||||
| 5 | Fluides oraux | L1A | L1A | L5† | |||||||||
| Raclage d'amygdales | L1A | L1A | |||||||||||
Nous avons également observé que, dans le cas de notre étude, les échantillons de fluides oraux étaient très difficiles à séquencer, tandis que les fluides de traitement étaient les plus faciles. Étant donné qu'il s'agit dans les deux cas d'échantillons "composites", cela pourrait s'expliquer par les valeurs Ct plus élevées, qui indiquent une plus faible quantité de virus dans les fluides oraux que dans les fluides de traitement. Nous avons tenté d'effectuer une WGS, mais nous n'avons finalement pas pu obtenir de séquences complètes du génome entier de l'un ou l'autre de nos échantillons. Nous pensons que cela peut être dû aux types d'échantillons utilisés, mais d'autres recherches sont nécessaires à ce sujet.
Ces résultats montrent à quel point il est important d'envisager le séquençage de plusieurs échantillons lors de la prise de décisions importantes, même si nous sommes conscients que cela entraînera des coûts plus élevés.
Remerciements
Le National Pork Board a financé ce projet. Nous tenons à remercier les vétérinaires et les producteurs qui ont contribué à la collecte des échantillons.
