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Les virus sont des virus et ils sont tous pareils, non ? Eh bien, non, ce n'est pas vrai. Il existe de nombreux types de virus dans le monde: ceux qui infectent les personnes, ceux qui infectent les animaux et ceux qui infectent les plantes, par exemple. Les virus, en raison de leur grand nombre, sont regroupés en différents types ou catégories selon un système de classification. Le système de classification comporte de nombreux niveaux, dont certains sont la classe, l'ordre, la famille, le genre et l'espèce. Ce même système de classification, le système linnéen, est utilisé pour regrouper tous les êtres vivants dans le monde, tels que les animaux, les plantes, les bactéries et, oui, les virus. Nous expliquons cela, non pas pour vous ennuyer avec des détails, mais pour souligner que bien qu'une pomme et une orange soient des fruits de la classe Magnoliopsida, elles sont très différentes. D'où cette expression anglaise courante, «comparer des pommes à des oranges» qui est souvent employée lorsque quelqu'un essaie de comparer deux choses qui sont aussi différentes qu'une pomme et une orange. Bien que comparer une orange à un citron soit un peu plus approprié, les deux fruits de la famille des Rutacées, genre Citrus, même un enfant peut dire qu'une orange est assez différente d'un citron. Les coronavirus des porcs et des humains sont également très différents (Fehr et Perlman, 2015). Nous racontons l'histoire du DEPv, un alphacoronavirus, pour vous montrer comment un virus différent, le SRAS-CoV-2, le bétacoronavirus responsable du COVID-19, peut se propager à l'échelle mondiale. Plus important encore, nous partageons ce que nous pouvons apprendre pour améliorer la santé des populations humaines et animales du monde.
C'était en 2013. Un coronavirus est entré dans la population porcine des États-Unis et a dévasté l'industrie porcine aux États-Unis. Ce virus était un alphacoronavirus appelé virus de la diarrhée épidémique porcine (DEPv) et a été détecté pour la première fois en avril. En neuf mois, il s'était propagé à la plupart des élevages de porcs aux États-Unis (Álvarez et al 2016). Une souche très similaire de DEPv s'est propagée dans le monde entier, assez rapidement, affectant de nombreux pays producteurs de porcs en un an. Aux États-Unis seulement, le DEPv a touché plus de 50% des élevages de truies (rapport MSHMP) et a réduit le nombre de porcs abattus de plus de 5 millions (3%); cependant, paradoxalement, les producteurs ont eu des performances économiques nettes plus élevés que prévu avant de subir l'épidémie (Schulz et al., 2015). Plus important encore, cela a changé notre façon de voir l'introduction de nouvelles maladies aux États-Unis. Cela a ouvert les yeux de beaucoup sur les vulnérabilités des importations et sur la dépendance à l'égard des chaînes de production mondiales. Ce fut un réveil cruel qui nous a fait réaliser à quel point nous n'étions pas préparés à l'introduction d'une nouvelle maladie dans notre population de porcs naïfs.
Avançons rapidement jusqu'en 2020 et nous pourrons donc établir des parallèles avec le nouveau coronavirus humain qui est apparu en 2019 et se propage maintenant à l'échelle mondiale, entraînant une pandémie, perturbant les chaînes d'approvisionnement mondiales et provoquant des alarmes sur les marchés financiers. En seulement trois mois, la maladie COVID-19, causée par le SARS-CoV-2, un bétacoronavirus, provenant d'animaux sauvages qui a été détecté chez l'homme, s'est propagée à plus de 147 pays. En ce qui concerne la transmission, le COVID-19 peut être mis en parallèle avec certains des coronavirus porcins que nous connaissons, ainsi que les virus de la grippe que nous connaissons tous très bien.
Le COVID-19 se propage rapidement d'une personne à l'autre, principalement par les voies respiratoires, de manière similaire à la propagation de la grippe. Dans une moindre mesure, le COVID-19 peut également être éliminé dans les selles, bien que l'on ne sache pas dans quelle mesure cette voie de transmission contribue à sa propagation. Le contact direct, la dispersion des aérosols à travers des gouttelettes et des fomites contaminés sont considérés comme les principales voies de transmission. On estime qu'une personne infectée infecte au moins deux personnes sensibles, ce qui entraîne des épidémies majeures dans la plupart des cas. À ce jour, il n'y a aucun cas documenté de virus COVID-19 affectant les porcs.
Il existe également des similitudes avec la grippe. La grippe est une maladie zoonotique transmise par contact direct avec les sécrétions respiratoires, les aérosols et les fomites. La transmission est rapide dans les populations sensibles. Le nombre moyen de reproduction de base pour la pandémie de grippe H1N1 de 2009 était de 1,46 (Biggerstaff et al., 2014), ce qui signifie que 1 à 2 individus sensibles seront infectés s'ils entrent en contact avec un individu infecté. Lorsque le virus de la grippe H1N1 est apparu en 2009, une pandémie s'est déclarée en moins d'un mois, entraînant la première pandémie du 21ème siècle. La grippe pandémique s'est propagée rapidement au cours de l'été 2009 en raison du manque d'immunité présent dans la population. Au cours de toutes les années du XXIe siècle, y compris 2020, la grippe se propage de façon courante et saisonnière, avec la plus forte incidence pendant les saisons les plus froides de l'année. La grippe chez les porcs est également saisonnière avec des pics d'infection pendant les saisons plus froides, comme l'hiver et le printemps aux États-Unis, bien que de nombreux élevages aient une grippe endémique toute l'année chez leurs porcs. De même, les coronavirus porcins, tels que le DEPv et le GETv (virus de la gastro-entérite transmissible), sont considérés comme saisonniers avec la plus forte incidence en automne et en hiver aux États-Unis, bien qu'ils puissent également rester endémiques dans les populations immunes tout au long de l'année (GET endémique au 20ème siècle).
En général, les virus grippaux et les coronavirus sont sensibles aux températures élevées et ne se transmettent pas aussi bien pendant l'été. Des mesures massives sont mises en œuvre pour freiner la transmission du COVID-19 chez les personnes, comme la limitation des voyages et déplacements des personnes d'un endroit à un autre. On ne sait toujours pas si ou quand ces mesures pourront contenir ou éliminer le virus. Nous avons de nombreux exemples où nous avons éliminé les coronavirus chez les porcs, mais cela nécessite de la discipline, un travail acharné et l'arrêt du mouvement et de l'introduction d'individus sensibles dans les populations infectées. C'est plus facile à dire qu'à faire pour les personnes. Notre expertise vétérinaire et nos partenariats public-privé en tant que professionnels de One Health dans le monde entier peuvent certainement aider à réfléchir aux protocoles de confinement et de prévention. Si le COVID-19 ressemble à la grippe dans sa capacité à provoquer des infections de saison en saison, alors il deviendra un autre coronavirus humain endémique chez l'homme, tout comme le rhume. Espérons que ce ne sera pas le cas pour le COVID-19, mais si ce que nous savons des coronavirus porcins endémiques et de la grippe s'applique ici, nous devons garder à l'esprit que les virus ne disparaissent pas facilement et peuvent revenir à l'automne.
Bien que le COVID-19, à l'heure actuelle, soit un problème de santé humaine et que notre objectif demeure la protection de la santé et de la sécurité de notre famille, de nos amis et de nos collègues, il nous rappelle que l'important est de maintenir des mesures de biosécurité strictes. et que nous restions préparés à toute nouvelle menace de maladie. Si nous avons appris quelque chose de l'introduction du DEPv aux États-Unis en 2013, c'est que la filière n'était pas préparée et pas prête à faire face à une nouvelle maladie dévastatrice. Depuis lors, heureusement, d'importants efforts ont été déployés pour préparer notre secteur à la prévention de l'introduction de maladies telles que la peste porcine africaine, mais il reste beaucoup à faire. Il semble que des leçons similaires seront apprises avec le COVID-19 et il rappellera aux éleveurs de porcs l'importance des mouvements des animaux et des humains pour tenter de contrôler la propagation des maladies.
