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La diarrhée néonatale est un des problèmes les plus fréquents dans les élevages porcins dans le monde. La plupart des diarrhées néonatales sont causées par des agents infectieux et sont directement liées à des pratiques inadaptées de nettoyage et désinfection. La norme généralisée qui consiste à essayer de maximiser l'utilisation des installations a mis beaucoup de pression sur la salle de mises-bas, en réduisant ou en éliminant le temps d'attente une fois que les cases sont propres et désinfectées. La conséquence finale est une pression d'infection extrêmement élevée, qui entraîne des infections diarrhéiques récurrentes et qu'on essaye toujours de surpasser en utilisant le détergent et/ou le désinfectant le plus récent.
Cependant, à la fin il n'y a rien de plus efficace qu'un lavage approprié et un séchage pendant un vide sanitaire adéquat. Les agents infectieux associés à cette situation sont souvent Escherichia coli enterotoxinogènes (ETEC), Rotavirus A, B et C, Clostridium perfringens de type A et C, Clostridium difficile et Isospora suis. Les infections par le coronavirus comme le virus de la Gastro-Entérite Transmissible (TGEv), le virus de la Diarrhée Epidémique Porcine (PEDv) et les deltacoronavirus sont suffisamment pathogéniques pour entraîner des problèmes même dans de bonnes conditions de conduite mais sont pires quand le nettoyage n’est pas bon.
La première étape pour le bon diagnostic de la diarrhée néonatale infectieuse est le choix des animaux. Il faut toujours choisir le porcelet qui démarre avec de la diarrhée clinique mais qui n'est pas encore léthargique ni déshydraté. Le fait de choisir des animaux qui sont au début de la maladie peut être le point critique pour la détection ou non, de beaucoup d'agents viraux comme le rotavirus et le coronavirus. La quantité de particules virales dans les entérocytes d'animaux récemment infectés est beaucoup plus importante que sur les porcelets chroniques. Les porcelets infectés chroniquement auront perdu l'épithélium qui recouvre les cryptes c’est pourquoi il sera plus difficile de trouver l'antigène ou l’ARN viral.
L'échantillon idéal pour le diagnostic des pathogènes entériques néonataux est l'envoi de porcelets vivants. Puisque l'histopathologie est la méthode diagnostique principale, le temps écoulé depuis la mort et l’autolyse sont les principaux obstacles pour une bonne appréciation des lésions et la détection d’agents infectieux dans les cellules entériques.
Par exemple, 20 - 30 minutes après la mort il y a un décollement diffus des entérocytes de la pointe des villosités dû à l’autolyse, qui rend impossible le diagnostic histo-pathologique d’ETEC et d'I. suis. Deux heures post mortem, tout le tissu depuis le milieu jusqu'à la pointe des villosités devient éosinophile sans distinction parmi des cellules à cause de l’autolyse. Puisque la majorité des échantillons arrivent au laboratoire le jour suivant du prélèvement, l'envoi exclusif d'échantillons intestinaux limiterait significativement, ou empêcherait même, une évaluation histologique appropriée. Par conséquent, il est essentiel de prélever les échantillons intestinaux juste après l'euthanasie des porcelets si on n’envoie pas d’animaux vivants au laboratoire. Les fragments d'intestin doivent avoir 2 à 3 cm de longueur et avoir 2 morceaux d’iléon, entre 4 et 5 du jéjunum, un du caecum 1, du côlon final et 2 du côlon spirale et être conservés dans du formol (à 10%) dans des sachets ou des récipients en matière plastique. On doit aussi envoyer des ganglions lymphoïdes mésentériques et des fragments de foie. Tous ces échantillons seront utilisés pour un examen histopathologique et dans certains cas pour aussi pour une immunohistochimie (DEP, GET, Rotavirus) ou hybridation in situ ISH).
Outre les échantillons conservés dans le formol, il est important d'envoyer des échantillons frais pour bactériologie, virologie et analyses moléculaires et biologiques. Les fragments doivent être de 10 à 15 cm de longueur pour l'iléon et le jéjunum et les fragments restants du caecum et du côlon spirale et peuvent être envoyés dans un sachet plastique. Les ganglions lymphoïdes mésentériques et les fragments du foie doivent être envoyés dans des sachets séparés pour éviter des contaminations