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Le virus Influenza A (IAv) est l’agent responsable d’une maladie respiratoire porcine économiquement très importante au niveau mondial. Au fur et à mesure que l'écologie de l'IAv est devenue plus complexe à cause de la mutation et de la recombinaison virale, de nouveaux types d’échantillons et de tests diagnostiques sont apparus pour détecter ou diagnostiquer les infections dues à l’influenza chez des porcs.
Les tests diagnostiques disponibles permettent respectivement la détection directe ou indirecte des infections actives ou des expositions passées. La prise d’échantillons pour les tests directs vise à détecter la réplication et l'excrétion du virus, qui a lieu entre le 1er et le 8ème jour après l'infection. La réponse des anticorps peut être détectée de 7 à 21 jours après l'exposition au virus et, plutôt à partir d'une paire d’échantillons de sérum prélevés avec 2 à 4 semaines d’intervalle. Les échantillons diagnostiques, indépendamment du type, doivent être réfrigérés à 4°C et transportés dans des sacs de glace à un laboratoire de diagnostic sous 48 heures (figure 1).
Figure 1 : Prise d’échantillons pour la détection ou indirecte et au diagnostic du virus Influenza A chez les porcs. La prise d’échantillons pour la détection directe doit être réalisée pendant l’excrétion du virus, au début de la maladie. La détection indirecte des anticorps contre l’Influenza doit être réalisée après l’élimination du virus et concernera la réponse immunitaire contre l’infection.
L’analyse par PCR transcriptase inverse (RT-PCR initiales en anglais) est l’analyse diagnostique communément utilisée dans beaucoup de laboratoires comme outil de détection d’infection par l’IAv à partir d’échantillons prélevés ante et post mortem qui comprennent les fluides oraux, les sécrétions nasales et le tissu pulmonaire. La RT-PCR est un test rapide, simple et spécifique basé sur la détection de matériel génétique de l’IAv, ou ARN avec des résultats rapides. De plus, la RT-PCR peut être utilisée pour sous-type les infections par influenza et déterminer si le virus est le H1N1, H1N2 ou le H3N2. Les résultats de RT-PCR à partir d’échantillons prélevés ante mortem doivent être interprétés avec prudence puisqu’on peut obtenir un résultat positif à partir d’animaux sans signes cliniques malgré la présence du virus. Le séquençage de gènes spécifiques de l’influenza comme l’hémagglutinine et l’isolement du virus sont aussi utilisés quand on veut caractériser un virus IA précis dans une population.
L’immunohistochimie (ICH) est un test adapté pour le diagnostic de l’infection par l’influenza sur les porcs mais elle se limite aux tissus fixés dans du formol. Une réaction chimique produit un signal qui identifie l’antigène du virus influenza qui peut être vu au microscope. Un avantage de l’ICH est que les signaux du virus sont associés aux lésions de grippe dans le tissu pulmonaire. Par contre, la fixation dans le formol et le choix de l’échantillon peuvent affecter la sensibilité ou la spécificité de l’analyse.
Les échantillons prélevés ante mortem qui sont utiles pour détecter la présence du virus de l’IA chez les porcs comprennent les fluides oraux (salive) et les sécrétions nasales. Les fluides oraux sont des outils de diagnostic toujours plus fréquents en raison de la facilité du prélèvement et parce qu’ils représentent une plus grande population. Les échantillons de fluides oraux sont prélevés par des cordes en coton suspendues à hauteur de l’épaule pendant environ 20-30 minutes. Il faut éviter la contamination externe avec l’aliment, les fèces et la matière organique. Les sécrétions nasales doivent être prélevées avec un écouvillon synthétique avec une tige en plastique et avec un liquide de transport adapté pour le virus.
Les échantillons de fluides oraux peuvent être difficiles à prélever chez les porcelets nouveau-nés mais sont adaptés pour les porcelets sevrés, les porcs d’engraissement et les adultes. L’inconvénient des fluides oraux est que ce type d’échantillon contient des inhibiteurs qui peuvent affecter la détection par RT-PCR et que la présence de petites quantités de virus peut empêcher le séquençage ou l’isolement du virus. En général, les écouvillons nasaux fonctionnent souvent mieux pour détecter et isoler l’influenza à cause des grandes quantités de virus qu’il y a dans ces échantillons mais cela demande un prélèvement individuel sur un nombre suffisant d’animaux pour représenter la population pendant la phase d’infection.
Le diagnostic de la maladie clinique par l’IAv chez les porcs demande des échantillons prélevés post mortem qui peuvent comprendre le tissu pulmonaire frais ou fixé dans du formol, la trachée ou le fluide de lavage pulmonaire. Les tissus pulmonaires infectés par l’influenza présentent souvent une consolidation multifocale de couleur violet à Rouge dans les zones cranioventrales des poumons. Un pathologiste verra une nécrose dans l’épithélium des voies respiratoires (bronches ou bronchioles) des poumons atteints. La combinaison des signes cliniques, des lésions macroscopiques et microscopiques et une analyse complémentaire positive comme une RT-PCR ou une IHC, confirme le diagnostic de l’infection et de la maladie clinique par l’influenza (figure 2)
Figure 2 : le virus influenza A est une cause importante de maladie respiratoire porcine. A. Les lésions microscopiques compatibles avec l’infection par l’influenza comprennent la nécrose de l’épithélium bronchioliaire (flèche) où le virus se réplique. B. Lésions pulmonaires importantes en forme de consolidation de couleur violet ou rouge avec un modèle en échiquier. C. Le virus influenza A peut être détecté par immunohistochimie (IHC) comme des signaux de couleur marron associés à de la nécrose de l’épithélium respiratoire (pointe de la flèche).
Le sérum est un échantillon prélevé ante mortem utilisé pour détecter des anticorps contre l’IAv sur les porcs. Le test ELISA de blocage dirigé contre la nucléoprotéine conservée de l’influenza est un outil de détection pour confirmer l’exposition au virus, la vaccination ou dans le cas de porcelets néonataux ou sevrés, la présence d’anticorps maternels. Cependant, l’ELISA n’est pas utile pour prédire la protection contre l’infection. Les analyses des anticorps fonctionnels, comme l’inhibition de l’hémagglutination (HI) ou la neutralisation virale sur sérum (SVN), peuvent aide à prédire la protection croisée quand on utilise l’antisérum et l’antigène appropriés. L’usage de vaccins contre la grippe et l’existence d’infections endémiques actives dans beaucoup de régions peut limiter l’intérêt des analyses sérologiques pour la grippe. On doit interpréter les résultats sérologiques dans le contexte avec les caractéristiques spécifiques de l’élevage et une histoire complète.
En général quand on fait face à une infection ou une maladie clinique par l’influenza chez les porcs, il faut prendre en compte le problème à diagnostiquer et les analyses nécessaires pour obtenir le résultat adéquat. Pour maximiser l’efficacité des tests de diagnostic pour l’IAv chez les porcs, il est recommandé de consulter un vétérinaire et/ou le laboratoire de diagnostic et d’utiliser ses protocoles spécifiques pour l'IAv.
