Diagnostic de laboratoire : Salmonella

Tests disponibles :

Culture bactérienne

• Isolement d'organismes vivants à partir de tissus présentant des lésions.
• Types d'échantillons : fèces, sang, rate, poumon, foie, ganglions lymphatiques.
• Avantages :
  • Les bactéries sont faciles à cultiver en 1 ou 2 jours dans les cas aigus.
  • Facile à réaliser dans n'importe quel laboratoire (même en interne).
  • Coût relativement faible.
• Inconvénients :
  • Un enrichissement sélectif peut être nécessaire pour les échantillons de sang.
  • Si les porcs ont été précédemment traités aux antibiotiques, cela peut entraver la croissance bactérienne.
  • Les fèces ne sont pas fiables pour diagnostiquer les cas systémiques.
  • L'excrétion des bactéries n'est pas constante ; elle est intermittente dans le temps.

Sensibilité aux antimicrobiens (antibiogramme)

• Test in vitro : capacité d'un organisme vivant à se développer sous des concentrations spécifiques de différents antimicrobiens.
• Types d'échantillons : fèces, sang, rate, poumon, foie, ganglions lymphatiques.
• Avantages :
  • Identification de la sensibilité ou de la résistance de souches spécifiques aux antimicrobiens courants.
  • Identification des tendances de la résistance aux antimicrobiens.
• Inconvénients :
  • Il faut un isolat bactérien.
  • Les tests in vitro peuvent différer légèrement des résultats in vivo.
  • Certains antimicrobiens spécifiques peuvent ne pas être inclus ou nécessiter des tests spéciaux distincts.
  • Coût modéré.

Sérotypage bactérien

• Le sérotypage est basé sur l'identification de différents antigènes O et H dans les isolats de Salmonella.
• Avantages :
  • Le sérotypage peut être effectué par :
    • Utilisation de différents antisérums.
    • Polymérase Chain Reaction (PCR) qui détecte la présence de séquences spécifiques d'acide nucléique (ADN) associées à des antigènes spécifiques.
    • Utilisation de microréseaux pour détecter des séquences d'ADN spécifiques pour des antigènes spécifiques.
  • Aide à identifier la pathogénicité de l'isolat bactérien sur la base du sérotypage associé à des antigènes spécifiques.
• Inconvénients :
  • Il faut un isolat bactérien.
  • Coût modéré.

Test immunologique ELISA

• Détecte la présence d'anticorps.
• Types d'échantillons : sérum ou fluides oraux.
• Avantages :
  • Les animaux restent positifs pendant plusieurs semaines.
  • Peut être utilisé dans les cas chroniques.
  • Des échantillons appariés peuvent être utilisés pour confirmer une infection récente.
• Inconvénients :
  • Les anticorps spécifiques et le moment de la détection peuvent varier légèrement entre les kits disponibles dans le commerce.
  • Les animaux peuvent mettre de 3-4 jours seulement à plus de 3 semaines pour devenir séropositifs ; le temps varie selon le sérotype et la dose d'exposition.
  • Ne fait pas de distinction entre la vaccination et l'infection par des bactéries de terrain.
  • Pas de réponse sérologique constante à l'infection ; différents sérotypes et différentes doses d'infection influencent la réponse immunitaire.
  • Les anticorps maternels peuvent compliquer l'interprétation des résultats au début de la transition.

Interprétation des résultats :

Culture bactérienne :

• Quantité :
  • Modérée à élevée : forte probabilité de contribuer à la maladie.
  • Faible : valeur douteuse (pourrait être un contaminant ou un sérotype non pathogène).
  • Absence de pousse : l'animal a peut-être déjà été traité aux antibiotiques, il n'y a pas eu d'excrétion à ce moment-là (excrétion intermittente) ou la bactérie ne contribue pas à la maladie.

Sensibilité aux antimicrobiens (antibiogramme) :

• Sensible : bon choix possible pour le traitement si l'antimicrobien peut atteindre le tissu cible.
• Résistant : un autre antimicrobien doit être choisi.
• CMI : si une CMI (concentration minimale inhibitrice) est effectuée, il faut s'assurer que l'antimicrobien sélectionné atteint la valeur de CMI indiquée dans l'organe cible.

Sérotypage :

• Le sérotypage permet le regroupement par sérotypes, ce qui est très précieux pour identifier l'importance de l'isolat.

Tableau présentant les sérotypes de Salmonella les plus courants et leurs sérogroupes respectifs.

ELISA

• Positif :
  • Exposition antérieure à un vaccin ou à des bactéries de terrain.
  • Des échantillons de sérum appariés à deux ou trois semaines d'intervalle peuvent être utilisés pour confirmer une infection récente.
• Négatif :
  • Négatif pour le vaccin ou les bactéries de terrain.
  • Infection trop récente pour être détectée.
  • Faible dose d'exposition.
  • Infection par des sérotypes bénins.
  • L'utilisation d'antibiotiques peut inhiber la croissance bactérienne, ce qui entraîne une dose d'exposition et une réponse immunitaire plus faibles.

Scénarios :

Porcs d'engraissement souffrant de diarrhée (aiguë ou chronique) :

• Prélever des échantillons de matières fécales sur au moins 10 porcs atteints de diarrhée non traitée par antibiotiques et les envoyer pour culture bactérienne et sensibilité par lots de 5.
• Envoyer les échantillons positifs à Salmonella pour le sérotypage.

Porcs d'engraissement présentant une maladie systémique (avec ou sans diarrhée) :

• Autopsie de 1 à 3 porcs morts récemment ou euthanasie des porcs atteints de diarrhée. Prélever des échantillons de tissus pour la culture bactérienne (rate, foie, ganglions lymphatiques gastro-hépatiques).

Détermination du moment de l'exposition :

• Prélever des échantillons sur 10 à 15 porcs à 8, 12, 16 et 20 semaines d'âge :
  • Deux approches pour l'échantillonnage :
    • Transversale - collecte auprès de différents groupes d'âge en même temps (on obtient des résultats plus rapidement).
    • Longitudinale - collecte sur les mêmes porcs au fil du temps (résultats plus précis pour l'interprétation sérologique).
• Analyse individuelle d'échantillons de sérum par ELISA.
• Envoyer des échantillons fécaux pour la culture bactérienne et la sensibilité en pools de 5 selon le groupe d'âge.
• Envoyer les échantillons positifs à Salmonella pour le sérotypage.