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Antecédents
La diarrhée épidémique porcine (PED) et la gastro-entérite transmissible (TGE) sont des maladies porcines infectieuses dues à des coronavirus semblables mais antigéniquement différents. Ils provoquent de l'anorexie, des vomissements et des diarrhées sur des porcs de tout âge, avec une mortalité nettement plus importante sur les porcelets allaitants et sevrés.
Pendant les 40 dernières années, la prévalence de ces maladies a connu des changements considérables en Europe, en Asie et en Amérique du Nord, avec une augmentation marquée dans les décennies 1970 et 1980, suivie par une diminution considérable dans les années 90. La diminution évidente de la prévalence de la TGE dans la décennie de 90 est due à l'apparition de nouvelles souches terrain du coronavirus respiratoire porcin avec une capacité naturelle à produire de l'immunité sur ses hôtes. Cependant, il semble que la capacité de ce virus à protéger contre la PED ait disparu lors des derniers épisodes.
Etiologíe et génômique
Le virus de la PED est un coronavirus ARN monocaténaire de polarité positive avec un génome de 28 kb de longueur. Le virus de la PED comme celui du SDRP sont ssRNA, c'est pourquoi tous les deux sont généralement très labiles et ont une facilité à muter et recombiner leur génome en formant de nouvelles souches. Les virions de coronavirus sont composés d'une nucléocapside entourée de trois membranes protéiques. Dans le cas de celui de la PED elle contient aussi une protéine de membrane connue sous le nom d'ORF 3
Figure 1. Morphologie du coronavirus.
Problèmes de PED en Asie
Les grands épisodes de PED sont apparus en Corée dans les années 90 et ont été suivis d'épisodes associés dans toute l'Asie orientale. Depuis 2005 jusqu'à aujourd'hui, les émergences de PED dues à ces souches "coréennes" sont devenues un problème pour l'industrie porcine de l'Asie orientale, particulièrement aux Philippines, qui a réalisé plusieurs importations de porcs coréens sur cette période. Depuis 2008 il s'est produit une nouvelle vague d'épisodes dans toute l'Asie orientale, attribuée à de nouvelles souches de virus de la PED apparues en Chine, entraînant davantage de perturbations dans la production porcine de la région. Ces épisodes actuels de la PED se sont étendus dans toute la Chine, atteignant aussi le Vietnam et la Thaïlande. L'industrie porcine de ces pays était en train de se consolider et de s'étendre, c'est pourquoi il y a eu un grand mouvement de porcs et de personnel entre les pays de la zone sur cette période.
Il existe quelques vaccins locaux sur le marché , atténués comme tués, et on les a utilisé massivement pour combattre autant les souches coréennes originelles que les nouvelles souches chinoises. Les analyses par PCR des séquences ORF3 des souches asiatiques du virus de la PED montrent qu'il y aurait trois groupes de virus PED circulant, avec une certaine relation avec une souche vaccinale couramment utilisée. L'utilité réelle de ces vaccins dans les élevages à problèmes a été probablement très limitée. Le contrôle des épisodes dans les élevages touchés est basé essentiellement en essayant de créer une immunité par "feedback" : en fournissant de la matière infectée par le virus vivant (intestins de porcelets atteints). Toutefois, bien que cette pratique ait démontré être efficace pendant longtemps lors d'épisodes antérieurs, on a obtenu seulement une immunité transitoire dans les nouveaux épisodes. Les éleveurs reportent des crises récurrentes tous les 6 mois, chacune aussi mauvaise que la précédente. Ce nouveau tableau peut être expliqué partiellement par la présence simultanée de souches pathogènes de SDRP qui diminuent l'immunité des animaux. Sur les derniers mois de nombreux épisodes similaires de PED se sont produits aux USA
Signes cliniques et pathologie
Les signes cliniques typiques des épisodes actuels de PED comprennent l'anorexie, des vomissements, de la déshydratation et de la diarrhée aqueuse et jaunâtre sur les porcs (de 1 à 4 semaines de vie). Les études d'exposition indiquent une période d'incubation d'environ 3 jours. Les figures 2 et 3 illustrent des cas typiques de PED asiatique.
Figures 2 et 3. Porcelets affaiblis, avec des vomissements, de l'amaigrissement et de la diarrhée typique de la PED
dans les épisodes actuels en Asie.
L'examen pathologique des porcelets touchés montre un contenu intestinal aqueux et jaunâtre et les parois de la muqueuse intestinale amincies avec une légère hypertrophie des ganglions lymphatiques mésentériques. L'examen histologique montre une atrophie des villosités et une taille réduite des sections des intestins atteints.
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Figure 4. Arbre phylogéntique du gène ORF 3 d'isolats récents de virus PED dans toute l'Asie.  |
Diagostic de la PED
Au laboratoire on peut extraire l’ARN à partir de suspensions fraîches du contenu intestinal au moyen de kits commerciaux. La transcription inverse peut fournir cDNA pour des réactions de PCR en incorporant un oligo-initiateur spécifique pour le gène ORF3 ou autres emplacements.
Les coronavirus sont généralement difficiles à cultiver et la PED n'est pas une exception, c'est pourquoi la plupart des efforts de culture à partir de matériel de terrain ont du succès seulement à de rares occasions. L'utilité des isolats est que les gènes clefs peuvent être complètement séquencés, permettant une meilleure comparaison sur la pathogénicité du virus et son origine. Pour tenter une culture, on homogénéise le contenu intestinal de cas positifs par PCR, il est filtré et inoculé dans des cultures confluentes de cellules Vero. Les co-cultures positives au virus de la PED sont détectées par les effets cytopathyques (CPE, initiales en Anglais) ,ensuite, avec la fusion cellulaire et la formation de syncytium. La figure 4 montre un arbre phylogénétique typique des isolats actuels asiatiques de PED.
Le gène ORF 3 est considéré comme un élément clef pour la pathogénèse de la PED, puisque sa séquence est considérée relativement stable. Toutefois, nos arbres d'analyses phylogénétiques plus récents (figure 4) montrent que les récents isolats chinois semblent former deux nouveaux groupes ou plus, provenant des provinces du sud ou du centre-nord. Par conséquent il est possible que de nouveaux groupes de virus PED soient apparus sur le terrain à partir de mutations ponctuelles et d'événements de recombinaison.
Conclusions
Il y a actuellement une prévalence importante du virus de la PED dans les élevages chinois et d'autres pays de l'Asie, étant détecté dans beaucoup d'épisodes de diarrhée grave. Ce type d'infections arrive généralement plus souvent dans de grandes exploitations. Les symptômes des nouvelles souches, autant en Asie qu'aux USA, ne sont pas distinctes de celles apparues précédemment sur le terrain ou dans des essais. Il est possible que les changements détectés dans le gène ORF 3 aient renforcé la virulence du virus de la PED en termes épidémiologiques. Les résultats de plusieurs études montrent que les souches asiatiques récentes ont une relation génétique et protectrice limitée avec les coronavirus respiratoires qui fournissaient souvent une protection naturelle. Par conséquent le monde continue à chercher un vaccin utile contre la PED.
