Fluides oraux - Prise d'échantillons

Au cours de ces dernières années, on a développé et validé de nouveaux outils de prélèvements, monitoring et diagnostic en production porcine qui sont plus rapides, plus simples et moins coûteux.
L'une de ces techniques est le prélèvement et l'utilisation de fluides oraux (salive) comme échantillon pour le diagnostic en production porcine. Cette technique a déjà été validée expérimentalement pour le SDRP, le PCV2 et l'influenza, et est utilisée de façon routinière dans les systèmes de production aux USA pour la détection du SDRP et de l'influenza au niveau de la population. Brièvement, la technique consiste à suspendre une corde en coton dans une case pour que les porcs la mordent afin qu'ils y déposent leur salive. (Prickett et al. 2008).

1. Prise d'échantillons :

Matériels nécessaires : corde en 100% coton (non traitée avec des produits chimiques), ciseaux, sacs plastique (type Zipplog^®) et tubes en plastique stériles avec une base conique ou arrondie et avec une capacité suffisante pour le volume de l'échantillon (5 cc, 10 ou 20 cc).

Points clés:

- Le nombre de cordes nécessaires pour que l'échantillonnage soit représentatif dépendra de la taille de la population, de la répartition des bâtiments, et de la taille des cases (on considère que dans des bâtiments en une seule salle de 1000 animaux, 6 cordes sont suffisantes pour détecter 10 % de prévalence avec un intervalle de confiance de 95 % (Detmer et al., 2010).

- Le diamètre de la corde et de la hauteur à laquelle elle doit se situer dépendra de l'âge des animaux, mais elle doit être d'un accès facile pour tout le groupe.

- Un délai de 30 minutes est suffisant pour que 75 % des animaux soient en contact avec la corde dans une case de 25-30 animaux; cela peut atteindre 90 % si, pendant le même temps, on suspend deux cordes

- Avant le prélèvement, vérifier que la corde soit saturée de salive (cela aidera à déterminer si le temps a été suffisant).

2.

On coupe la partie humide de la corde et on la dépose dans le sac en plastique propre. On extrait la salive comme le montrent les images et l'échantillon s'écoule dans les tubes stériles.

Précautions:l'extraction de la salive doit être réalisée le plus rapidement possible après avoir recueilli les cordes et en essayant de manipuler le moins possible la corde directement avec les mains pour éviter une contamination croisée. Réfrigérer rapidement les échantillons.

3. Conservation :

- La saleté des échantillons (artefacts) peut interférer sur le résultat du diagnostic. Pour cela la salive doit être centrifugée (1000-2000 rpm/30 min.) ou au moins, permettre pendant 60 minutes que les particules de saleté présentes dans l'échantillon se déposent au fond du tube. Avec la fraction surnageante, procéder à son analyse ou à sa conservation.

- Les échantillons doivent être maintenus au froid (4-10°C). À 4°C ils peuvent tenir jusqu'à 12 jours sans que la détection de SDRP par la PCR ne soit altérée. Pour leur conservation, les échantillons doivent être congelés (-20°C ou-80°C).

4. Analyses:

La détection de pathogènes viraux et bactériens est réalisée grâce à la PCR. L’ARN viral du SDRP et de l'influenza peut être détectés dans la salive à 24 heures. La détection d'anticorps contre le SDRP et le PCV2 peut être réalisée par ELISA et représente une alternative à la PCR pour diminuer des coûts de diagnostic. Cependant, l'isolement viral du SDRP et du PCV2 ne se fait pas encore et, dans le cas de l’influenza, le pourcentage d'isolement à partir des fluides oraux PCR positifs est de 51 %.

5.

Le monitoring d'une population grâce aux fluides oraux peut permettre un coût plus faible du diagnostic alors que l'on augmente le nombre de porcs prélevés, et à l'avenir, les pathogènes pouvant être détectés.

La prise des échantillons ne requiert pas de personnel spécialisé et de plus la nature curieuse des porcs facilite l'échantillonnage, en interagissant et en jouant avec la corde tandis qu'ils y déposent la salive.

Avec les échantillons de fluides oraux on obtient une plus grande représentativité de la population et la sensibilité pour détecter des infections à faible prévalence (≤ 10 %) est égale ou supérieure aux 30 échantillons individuels traditionnels.

Les échantillons de fluides oraux sont représentatifs au niveau de la population, mais ils ne peuvent jamais se substituer aux échantillons individuels pour l'isolement du micro-organisme.

Pour éviter de faux négatifs il est très important d’éviter de faire des pools d'échantillons et l’analyse des échantillons doit être faite dans un laboratoire habitué aux techniques du diagnostic sur salive.

Pour plus d'information consulter :

http://vetmed.iastate.edu/vdpam/disease-topics/oral-fluids
http://www.vdl.umn.edu/guidelines/oralfluids/home.html