Intérêts des différentes techniques d’analyses vis à vis du SDRP : sérologie, PCR et séquençage

Dans l’article précédent, il a été question de la façon pratique d’appréhender la circulation virale SDRP au sein d’un élevage porcin.

Souvent cette étude diagnostique est du ressort du vétérinaire traitant de l’exploitation. Cependant, il est tout de même important pour les éleveurs de comprendre autant que la démarche en elle-même les raisons du choix et l’intérêt relatif de chaque type d’analyse.

1. Que veut dire sérologie, PCR (ou virologie) et séquençage ?

a. La sérologie

La sérologie ne permet pas de détecter le virus en lui-même. Comme pour toutes les maladies, elle ne permet que de détecter les traces de son passage c’est à dire les anticorps qui sont produits par l’organisme en réponse à son « attaque ». Les anticorps qui sont produits sont spécifiques pour chaque maladie: un test sérologique ne détecte les anticorps que pour la maladie qu’il est censé détecter.

En ce qui concerne le SDRP, il existe deux techniques sérologiques qui permettent de détecter deux types d’anticorps différents :
- Les Ig M : ce sont des anticorps précoces qui sont synthétisés rapidement après l’infection (dès 5 jours). Ils persistent peu de temps dans l’organisme (environ 1 mois seulement) : un animal prélevé 6 semaines après son infection sera sérologiquement « négatif »). La technique sérologique qui détecte les IgM est l’IPMA (test à l’immunopéroxydase).
- Les Ig G : ce sont des anticorps plus tardifs (ils peuvent commencer à être détectés 15 jours après l’infection). Ils persistent pendant plusieurs mois: 6 mois après l’infection, un animal sera toujours positif mais on ne pourra pas savoir de quand date l’infection. La technique sérologique qui détecte les IgG est l’ELISA.

b. La PCR

La PCR permet de rechercher directement le virus (et plus précisément son matériel génétique) dans le prélèvement qui a été réalisé. Un animal qui est infecté par le SDRP va abriter le virus et celui ci va se multiplier.

La persistance du virus dans l’animal va être plus ou moins longue en fonction de l’organe considéré, par exemple, il peut être détecté plusieurs mois après l’infection dans les amygdales mais seulement quelques jours ou au plus quelques semaines dans le sang.

c. Le séquençage viral

Le séquençage viral permet de déchiffrer l’ARN d’une partie du génome du virus détecté par PCR sur un prélèvement de sang ou d’organe.

Le séquençage a plusieurs intérêts :

- Vérifier dans un élevage donné si une souche responsable de problème sanitaire est la même que celle détectée quelques mois ou années avant ou si plusieurs souches circulent dans le même élevage
- Vérifier lors de suivi d’efficacité que la souche détectée sur des échantillons est bien une souche sauvage et non pas une souche vaccinale. Avec l’arrivée sur le marché du vaccin vivant, cette technique d’analyse permet de discriminer les souches sauvages d’une souche vaccinale ce qui est parfois nécessaire lors de mise en place de plan de stabilisation ou d’éradication.
- Réaliser des études épidémiologiques par zone géographique (région, pays, continent) pour étudier la typologie des souches qui y circulent
- Surveiller une éventuelle dérive génétique des souches à la fois sauvages et/ou vaccinales

2. Règles d’utilisation, avantage(s), inconvénient(s) et coût de chaque test

Le tableau ci dessous les caractéristiques d’utilisation de chaque test :

	Cadre d’utilisation	Avantage(s)	Inconvénient(s)	Coût approximatif par échantillon
Sérologie Ig M	Diagnostic de problème clinique	- 1 seul prélèvement sanguin est nécessaire. - Pas de précaution particulière pour la conservation du prélèvement (si le délai entre le prélèvement et l’analyse n’est pas trop long).	L’interprétation est délicate voire impossible sur des animaux vaccinés. Pas de possibilité de réaliser des pools.	16,5 €
Sérologie Ig G	Détermination de statut d’élevage.	Pas de précaution particulière pour la conservation du prélèvement (si le délai entre le prélèvement et l’analyse n’est pas trop long).	- Pas de possibilité de réaliser des pools. - Nécessité de réaliser une cinétique sérologique (2 sérums par animal) dans le cadre du diagnostic clinique. - L’interprétation des profils est délicate voire impossible sur des animaux vaccinés.	8,5 €
	Réalisation de profil sérologique.
	Diagnostic de problème clinique.
PCR	Diagnostic de problème clinique. Diagnostic de circulation virale dans un élevage.	- Possibilité de réaliser des pools par 3 sérums ou organes ce qui permet de diminuer le coût par 3. - Utilisable quel que soit le statut vaccinal des animaux mais en fonction de l’objectif de l’analyse un séquençage peut être nécessaire.	Nécessité de conserver les prélèvements sous couvert du froid et délai de conservation limité.	30 € / PCR (à diviser éventuellement par le nombre de prélèvements poolés).
Séquençage	Suivi épidémiologique de souche au niveau d’un élevage ou d’une zone géographique.	Permet le suivi d’efficacité d’un plan de vaccination basé sur l’utilisation d’un vaccin vivant.	- Nécessité d’avoir un prélèvement de grande qualité pour qu’il contienne suffisamment de matériel génétique. - Pas de laboratoire qui fait cette analyse en routine en France mais des laboratoires très performants ailleurs en Europe.	Se renseigner auprès du laboratoire concerné.
	Différenciation des souches sauvages et vaccinales.

3. Quel prélèvement pour quel test ?

En ce qui concerne la sérologie, seul le sang total sur tube sec permet de réaliser l’analyse. Les tubes doivent ensuite être couchés pour une bonne séparation du sérum.

En ce qui concerne la PCR et le séquençage, l’analyse peut être réalisée à partir du sang ou de n’importe quel organe prélevé que ce soit sur animal vivant ou mort (y compris éventuellement les avortons).