0
Nous traversons actuellement «l'âge d'or» du microbiome (Waldor et al., 2015). Les corps des animaux, des porcs aux humains, sont peuplés d'un nombre immense de micro-organismes, le "microbiote" de l'individu. Le «microbiome» (le catalogue de ces micro-organismes et de leurs gènes) fait actuellement l'objet d'un examen approfondi dans de nombreux domaines de recherche, et la nutrition est au cœur de ce domaine émergent (Ursell et al., 2012). Cela est dû, bien sûr, au fait que la plupart des bactéries associées aux animaux résident dans l'intestin (Sender et al., 2016). Les vétérinaires savent depuis un certain temps l'importance du contrôle du microbiote intestinal des animaux. Des pratiques telles que l'administration de pré / pro / symbiotiques visent, bien entendu, à modifier les populations microbiennes de l'intestin. Cependant, peu auraient pu prédire l'importance du microbiote pour le développement et la santé des animaux.
La recherche sur l'obésité humaine a porté une attention particulière à la pertinence des bactéries intestinales et c'est un bon exemple de la façon dont nos concepts sur la nutrition seront modifiés dans les années à venir par l'étude du microbiome. Des expériences ont montré que l'obésité peut être déterminée par la composition microbienne de l'intestin. En d'autres termes, le régime affecte non seulement le microbiote, mais les bactéries elles-mêmes peuvent déterminer les résultats métaboliques chez l'hôte (Ley, 2010, Sanmiguel et al., 2015). Les implications sont immenses: inverser un microbiote «obèse» vers son équivalent «mince» serait suffisant pour remédier à cette condition (Harley et al., 2012, Marotz et al., 2016). Pour le nutritionniste vétérinaire, ce raisonnement génère l'idée tentante d'un composant unique (et simple) qui peut être modifié pour améliorer la productivité animale. Par conséquent, le contrôle du microbiote des animaux pourrait potentiellement répéter les progrès qui ont eu lieu dans la productivité lorsque la sélection génétique a commencé à être utilisée commercialement.
C'est cependant un domaine qui en est encore à ses balbutiements. Premièrement, les interactions du microbiote avec le régime alimentaire ou avec les additifs sont très complexes. Les interventions montrent un impact sur le microbiome, mais elles dépendent également de la composition bactérienne initiale de l'intestin. Par conséquent, les animaux élevés dans des conditions différentes répondront différemment à la même intervention. Par exemple, cela a été vu dans un essai dans lequel les porcs ont reçu de la levure de cidre (Upadrasta et al., 2013). La connaissance pratique de ce fait est partagée par de nombreux vétérinaires de terrain. L'utilisation de probiotiques génère des résultats extrêmement variés dans différents environnements. En outre, nous commençons tout juste à comprendre ce qu'est un microbiote normal et sain et ce que cela signifie de le modifier. On croit que les producteurs d'acides gras à chaîne courte (AGCC) sont pertinents dans une grande variété de contextes, de sorte que beaucoup d'attention est accordée à ces bactéries lors de l'analyse du microbiome (Park et al., 2014); cependant, l'observation d'un nombre limité de populations bactériennes du microbiote, comme les producteurs d'AGCC, ne représente que la pointe de l'iceberg des possibilités. Plusieurs composants moins connus du microbiote peuvent également être importants pour déterminer la santé intestinale, et certaines recherches seront encore nécessaires pour pouvoir utiliser toute l'information issue de l'analyse du microbiote. Enfin, le microbiote a montré évoluer avec l'âge et montre une certaine élasticité pour la modification dans la vie future, bien qu'il ne soit certainement pas fixe et puisse être modifié avec les bons protocoles (Mach et al., 2015, Umu et al., 2015).
Figure 1. Quelques genres bactériens trouvés dans les fèces porcins. T1 est le témoin. T2 est un groupe traité avec un mélange de Bacillus dans l'aliment.
Chez les porcs, des corrélations ont été trouvées entre le microbiote et plusieurs paramètres sanitaires et productifs. La qualité de la viande et de la graisse corporelle (Park et al., 2014), la production d'anticorps et le poids vif (Mach et al., 2015) et une meilleure réponse à l'infection par le SDRPv (Niederwerder, et al. , 2016) sont quelques-uns des paramètres qui semblent être susceptibles d'être contrôlés à travers le microbiote. Ce sont des exemples clairs de ce qui peut être atteint en approfondissant la connaissance du fonctionnement des bactéries intestinales.
L'expansion actuelle du domaine du microbiome fait suite aux progrès récents des technologies génomiques. Le microbiome n'est plus étudié avec des méthodes microbiologiques conventionnelles (en isolant des bactéries dans des boîtes de Pétri, par exemple): de nombreuses bactéries intestinales ne sont pas susceptibles d'être cultivées en laboratoire. Pour comprendre les changements dans l'ensemble de la population bactérienne dans l'intestin, ces microbes sont séquencés. Cela génère des données qui permettent l'identification de pratiquement toutes les bactéries dans l'échantillon. Par conséquent, le résultat de cette technique est une longue liste de toutes les bactéries présentes et de leurs quantités relatives. Avec ces données en main, on peut effectuer des analyses sur l'impact des interventions (telles que l'utilisation de probiotiques) sur la constitution du microbiote, par exemple.
En conclusion, il est très probable que l'industrie de la nutrition porcine sera déterminée dans un avenir proche par l'étude du microbiome. Bien que l'utilisation de suppléments nutritionnels ait été très empirique jusqu'à récemment, l'intérêt pour la recherche sur le microbiome aidera certainement à choisir des produits plus efficaces, ainsi qu'à déterminer les conditions dans lesquelles ils sont le plus utiles. L'industrie des additifs investit certainement dans la compréhension du microbiote pour promouvoir les possibilités de ses produits (Pajarillo et al., 2015). À mesure que la technologie et les connaissances progressent, l'analyse du microbiome sera accessible non seulement aux chercheurs des grandes entreprises, mais aussi aux vétérinaires de terrain, où elle peut devenir un outil précieux dans les pratiques de gestion.
