Nouveaux outils de surveillance du virus du SDRP : quand les utiliser et lesquels ?

Dans de nombreux pays, il y a un nombre croissant d'élevages de reproducteurs infectés de manière endémique par des variants émergents du virus du SDRP. Aux premiers stades des épidémies de SDRP, la production est affectée depuis les reproducteurs jusqu'aux animaux d'engraissement. Cependant, lorsque l'immunité du troupeau est établie, l'infection passe de minime à subclinique dans le troupeau reproducteur. À ce stade, les signes cliniques sont plus évidents dans les élevages de porcs en croissance, en particulier vers la fin de la période de transition (post-sevrage), lorsque l'immunité maternelle diminue.

Une surveillance étroite de l'infection par le SDRPv est cruciale pour s'assurer que la population se rétablit complètement et en temps voulu de l'infection et des signes cliniques. Pour répondre à ce besoin, de nombreux progrès ont été réalisés dans les systèmes de suivi et de surveillance, y compris dans les approches diagnostiques et cliniques.

Suivi diagnostique

Selon les données du SDRS (Swine Disease Reporting System), un changement fondamental s'est opéré au cours de la dernière décennie : les échantillons de sérum ont été remplacés par des échantillons globaux de population pour l'analyse de l'ARN du SDRPv. Les fluides oraux sont le principal type d'échantillon utilisé chez les porcs d'engraissement pour détecter l'activité virale. Dans les élevages de reproducteurs, les fluides de traitement (FT) sont les échantillons les plus couramment utilisés, suivis des fluides oraux et des tissus.

Les fluides de traitement (FTs) sont un échantillon pratique pour détecter l'activité du SDRPv dans les élevages pratiquant la castration physique des porcelets. Les porcelets âgés de 2 à 7 jours sont échantillonnés et de nombreux élevages envoient des échantillons groupés de porcelets traités au cours de la semaine. Il est d'usage de prélever des FTs sur le plus grand nombre possible de portées et de salles, de conserver les échantillons au réfrigérateur ou au congélateur dans l'élevage et d'envoyer des échantillons groupés par jour pour un test PCR poolé représentatif de cette semaine particulière. Lorsque les résultats commencent à être négatifs en PCR, les vétérinaires peuvent ouvrir les pools et tester chaque jour séparément pour augmenter la sensibilité.

Une fois que les FTs commencent à être systématiquement négatifs par PCR (c'est-à-dire 4 à 6 semaines d'affilée), la principale question est de savoir si la population en cours de sevrage reste négative. Dans ce cas, si le virus circule toujours dans l'exploitation, la prévalence sera probablement très faible (≤ 3 % de prévalence). Un protocole de surveillance très sensible est donc nécessaire. C'est à ce moment-là que les fluides oraux familiaux (FOF) entrent en jeu. Les FOF consistent à suspendre une corde à laquelle la truie et sa portée ont accès, en déposant des échantillons de fluides oraux représentant "la famille". Des calculateurs de taille d'échantillon ont été décrits comme des guides pour établir le nombre d'échantillons de FOF et l'intensité de regroupement de ces échantillons en fonction de la taille de la salle de mise bas et du niveau de confiance souhaité.

Une autre approche récente consiste à utiliser les fluides de la langue des porcelets morts. Cette méthode est basée sur le prélèvement d'échantillons sur des animaux morts, qui sont plus susceptibles de contenir le virus, et elle est très efficace par rapport aux méthodes d'échantillonnage des animaux vivants. Elle est utile en cas de chute inattendue des valeurs Ct des PCR à partir d'échantillons de FT, de sérum ou de FOF. Elle est également utile lorsque la durée des résultats positifs de la PCR est atypiquement longue (c'est-à-dire 40 semaines ou plus après l'apparition du SDRP). L'échantillonnage de la langue des porcelets mort-nés permet de savoir si l'infection provient des mères (transmission verticale) ou si l'infection se produit dans la maternité (transmission horizontale). Le Dr Isadora Machado et al. ont récemment rapporté que la probabilité de détection de l'ARN du SDRPv dans les langues des porcelets mort-nés était similaire ou plus élevée que dans les fluides de traitement, le sérum et les fluides oraux familiaux.

Par ailleurs, le Dr "Jack" Li Peng a récemment fait état d'un prélèvement prometteur appelé raclage amygdalo-oral (TOSc). En bref, le TOSc consiste à utiliser une canule d'insémination pour prélever un échantillon dans la zone des amygdales de la truie, recueillant ainsi un échantillon visqueux. Les données préliminaires comparant les résultats de la PCR sérique, du raclage des amygdales et du TOSc sur 30 truies ont montré une positivité plus élevée pour le TOSc que pour les autres types d'échantillons. Les études sont en cours au moment de la rédaction du présent document et les résultats devraient être disponibles sous peu. Un autre avantage de l'échantillonnage du TOSc est qu'il ne nécessite pas que les truies soient attachées, ce qui rend le processus de prélèvement relativement rapide par rapport à la méthode conventionnelle de raclage des amygdales.

Tableau 1 : Techniques d'échantillonnage basées sur la population.

Surveillance clinique

Le suivi diagnostique est très précis, avec une spécificité et une sensibilité excellentes. Cependant, il n'est généralement pas effectué quotidiennement dans la plupart des exploitations. Pour remédier à ce problème et surveiller le troupeau reproducteur 24 heures sur 24, les producteurs tirent parti de la surveillance clinique à l'aide de flux de données disponibles dans le cloud. Des algorithmes basés sur le contrôle statistique des processus (CSP) sont disponibles pour établir un contrôle automatisé continu de certains paramètres à l'aide de données de base spécifiques à l'élevage. Il s'agit par exemple du nombre d'avortements, du nombre de truies qui n'ont pas mangé pendant la gestation et des pertes néonatales (mort-nés et fœtus momifiés). En cas d'augmentation significative d'un ou de plusieurs de ces paramètres, des alertes sont émises à l'intention des éleveurs préalablement enregistrés, qui peuvent effectuer des tests de diagnostic spécifiques pour déterminer la cause de cette variation.

Considérations finales

Les programmes tels que la SDRS fournissent une mine d'informations au niveau macro-épidémiologique. Ces informations sont dynamiques et évoluent rapidement dans le temps et l'espace. L'échantillonnage des populations de porcs, notamment des fluides oraux, des fluides de traitement et des bouts de langue des porcelets mort-nés, permet une caractérisation pratique de l'activité du SDRPv au niveau de la salle (ou de l'enclos). Les échantillons TOSc, s'ils sont validés, représentent une étape importante vers le dépistage du SDRPv chez les truies gestantes. Chaque méthode d'échantillonnage permet de répondre à un problème spécifique. Par exemple :

• les fluides de traitement sont excellents pour détecter l'activité virale dans l'ensemble de l'exploitation
• les fluides oraux familiaux permettent de vérifier l'activité du SDRPv chez les porcelets en âge d'être sevrés
• les bouts de langue des porcelets mort-nés permettent d'évaluer la transmission verticale.

Outre les outils de surveillance diagnostique, les producteurs doivent tirer parti des données cliniques disponibles pour surveiller l'exploitation 24 heures sur 24, 7 jours sur 7, afin de détecter rapidement les foyers de maladie, ce qui permet de réagir rapidement et d'adapter les mesures de confinement biologique si nécessaire pour empêcher la propagation de l'agent pathogène à d'autres populations de porcs qui ont des liens épidémiologiques avec la population. Ensemble, ces méthodes d'échantillonnage fournissent aux producteurs et à leurs vétérinaires respectifs plusieurs outils pour comprendre la situation du SDRPv dans chaque population.