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Lorsque le problème de la MAP s'est posé, les discussions sur l'implication centrale du PCV-2 dans la maladie ont été constantes jusqu'à ce que l'apparition des vaccins et leur efficacité éliminent tout doute à cet égard. Lorsque le PCV-3 survient, la situation est pratiquement inverse : tout le monde suppose qu'il doit provoquer un type de pathologie.
Le PCV-3 a été découvert en 2015-2016 à la suite d'un séquençage massif réalisé par métagénomique, un outil très puissant qui permet d'obtenir des séquences génomiques de différents microorganismes sans avoir une idée préalable de leur séquence. En présence d'une série de cas de PDNS, de problèmes de reproduction, de myocardite et après avoir écarté la présence des principaux agents pathogènes susceptibles d'être impliqués, tels que le SDRP et le PCV-2, il a été décidé de réaliser une analyse métagénomique et c'est à ce moment-là que cela a été découvert ce nouveau circovirus. Ce que nous ne savons pas, c'est depuis combien de temps ce virus est présent dans la population porcine. En fait, nous et d'autres groupes de recherche avons mené des études rétrospectives avec des échantillons de sérum stockés et avons constaté que le PCV-3 était déjà présent au moins depuis les années 1990. Mais en le détectant dans les échantillons les plus anciens disponibles, ce virus circulerait selon toute probabilité auparavant dans le cheptel porcin.
Le PCV-2 était également un virus omniprésent qui a été détecté dans les sérums bien avant le moment où il a commencé à provoquer une maladie clinique.
En fait, avec le PCV-2, il n'y a eu aucun changement dans la pathogénicité, ou du moins nous ne le savons pas. Le virus évolue et change, mais lorsque le circovirus porcin est traité comme une maladie multifactorielle, la présence de la maladie dépend de la présence concomitante d'autres facteurs. Par conséquent, le fait que nous ayons identifié une nouvelle maladie dans les années 1990 est beaucoup plus attribué à la situation des cofacteurs qu'au virus lui-même. Avec le PCV-3, nous ne savons pas; nous ne connaissons pas son impact et nous n'avons pas de maladie différentielle comme nous l'avons vu dans les années 90 qui puisse lui être attribuée. En revanche, contrairement au PCV-2, la variabilité du PCV-3 est significativement plus faible. Quand on parle d'un niveau de divergence de 10% avec le PCV-2, toutes les séquences du PCV-3, à l'exception de deux isolats isolés trouvés en Chine avec une plus grande divergence, sont extrêmement similaires, avec un degré de similitude de pratiquement 98%.
Il y a une équipe de travail pour essayer de déterminer si on peut considérer différents génotypes pour le PCV-3 et bien que les choses puissent changer, on pourrait aujourd'hui parler d'un génotype, au maximum deux si l'on considère ces 2 séquences détectées une seule fois en Chine en 2006. Actuellement, il existe un volume important de séquences de PCV-3 dans la GeneBank, mais il faut tenir compte du fait que 80% des séquences proviennent de Chine et on ne sait pas si cela affecte le niveau de représentativité dans d'autres domaines.
“Associé à vs cause de”
Dans la plupart des cas décrits en relation avec le PCV-3, on parle de «cas associés à», qu'il faut différencier de «cause de». Le fait de détecter un microorganisme dans le cadre d'un problème clinique n'indique pas nécessairement qu'il en est la cause. Des études ont été menées où la présence de PCV-3 a été évaluée dans des cas envoyés au laboratoire en raison de problèmes digestifs et respiratoires et également chez des animaux sains, et la fréquence du PCV-3 était pratiquement la même dans les trois situations. Nous ne pouvons pas oublier qu’il s’agit d’un virus pratiquement omniprésent.
Le PCV-3 a été lié à une multitude de symptômes et personnellement, je ne vois pas clairement que dans la grande majorité d'entre eux, il existe un quelconque type de «causalité». Là où nous trouvons plus de preuves aujourd'hui, c'est son rôle dans certaines tableaux de troubles de la reproduction, mais nous devons également considérer la fréquence du problème. Si nous mesurons la gravité et l'étendue des problèmes quand ont commencé les problèmes dus à la circovirose porcine, c'est quelque chose que nous ne trouvons pas actuellement en relation avec les problèmes de reproduction et le PCV-3.
PCV-3 et problèmes de reproduction
Bien qu'il semble difficile de trouver un effet biologique clair entre le PCV-3 et la présence de problèmes digestifs ou respiratoires, il est possible qu'il puisse y avoir des problèmes de reproduction associés au PCV-3. Susanna Williamson, du Royaume-Uni, a présenté au ESPHM 2019 un cas clinique où il y avait des morts-nés, des porcelets présentant des malformations et des inflammations systémiques, en particulier une vascularite avec la présence de niveaux élevés de PCV-3 détectés par PCR. Ils nous ont envoyé des échantillons de ce cas clinique afin que nous puissions effectuer une hybridation in-situ et ainsi localiser le virus dans les tissus. À notre grande surprise, la quantité de PCV-3 présente dans les tissus était extrêmement élevée, comparable aux quantités de PCV-2 que nous avons trouvées dans des cas cliniques de circovirus porcin. Je pense donc que le PCV-3 est effectivement un agent pathogène, qui peut probablement causer des problèmes de reproduction, mais la question fondamentale est de savoir à quelle fréquence le PCV-3 est un problème. À ce jour, nous n'avons pas cette preuve de fréquence; ce même laboratoire britannique qui nous a envoyé les échantillons n'a enregistré que deux cas similaires au cours des 4 dernières années. On pourrait donc dire que le PCV-3 a apparemment la capacité de produire des lésions associées à des problèmes de reproduction, mais il semble que l'incidence de la maladie qu'il provoque soit très faible. Avec ces données, nous pouvons seulement conclure que nous ne savons vraiment pas encore à quel point le PCV-3 est important en tant que pathogène.
Pouvons-nous nous attendre à une protection croisée contre le PCV-3 avec les vaccins PCV-2 ?
Nous devons tenir compte du fait que, bien qu'ils aient des structures avec une certaine similitude, le degré de divergence génétique entre le PCV-2 et le PCV-3 est de 60%, par conséquent, ils sont très différents. Je ne m'attendrais à aucune sorte de protection croisée. Nous partons du principe que, à ce jour, nous n'avons pas d'isolats de PCV-3, nous n'avons donc pas été en mesure de réaliser des études de pathogènie ou des techniques sérologiques, les techniques de diagnostic sont donc limitées à la PCR et au séquençage. Tout cela rend difficile de tirer des conclusions sur une base expérimentale.
Le PCV-3 constitue-t-il un défi pour l'avenir ?
Mieux comprendre le fonctionnement du PCV-3 est important aujourd'hui, mais tant qu'il n'est pas perçu comme un problème, il ne sera pas considéré comme une priorité scientifique. Ma conclusion est qu'apparemment le PCV-3 est capable de provoquer des maladies de la reproduction, mais que nous n'avons pas de données sur sa pertinence, ce qui est primordial.
Je crois que, dans l'univers des circovirus porcins et avec les excellents résultats que les vaccins PCV-2 continuent de donner, si l'on pense aux défis à moyen terme, il est important de comprendre comment, quand, pourquoi et dans quelle mesure le PCV-3 est capable de produire des maladies.
