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L'apparition du virus de la DEP pour la première fois aux É.-U. en 2013 a été à la base d'importantes pertes à cause de la mortalité des porcelets. Elle a entraîné de nombreuses recherches sur le virus, la maladie et sa pathogenèse, qui ont mené à des points de vue utiles mais quelquefois sur un ton spéculatif. Le virus des É.-U. est-il plus virulent que la souche CV777 isolée à l'origine en Europe à partir de porcelets malades en 1977? La maladie est-elle plus dévastatrice maintenant que dans les années 1970 en Europe? Trop souvent, les analyses génomiques ont mené à la désignation des isolats comme des "variantes à plus grande virulence" et à tirer des conclusions hâtives sur la base de données de séquençage au lieu de sur des expériences d'inoculation sur des porcs.
L'auteur du présent article a été directement impliqué dans la recherche sur la DEP en Europe depuis ses premières étapes au début des années 1970, et son groupe a isolé le vDEP pour la première fois (souche de référence CV777). Il peut donc être intéressant de faire quelques considérations et de revenir sur certains faits du passé que l'on a tendance à oublier.
En 1971, un chirurgien vétérinaire (M. Oldham) a écrit dans la revue britannique Pig farming supplement un bref article intitulé " Comment le tout a commencé ". Dans cet article, il décrivait un nouveau syndrome diarrhéique apparu dans des exploitations porcines anglaises, caractérisé par une diarrhée aiguë chez des porcs de croissance et d'engraissement et chez des truies, mais qui ne touchait pas du tout les porcelets. Le syndrome a été appelé TOO, qui signifie " The Other One " (en français, " l'autre ") pour se référer à sa ressemblance clinique avec la gastro-entérite transmissible (GET), mais il était différent dans la mesure où les porcelets ne tombaient pas malades. Le diagnostic de laboratoire du vGET, cause habituelle de la diarrhée virale à cette époque-là, restait négatif. L'appellation TOO a rapidement été remplacée par " diarrhée épidémique ". Cette diarrhée épidémique s'est rapidement répandue dans le continent européen et, au début des années 1970, elle a également été observée en Belgique. Dès qu'elle apparaissait dans une exploitation, la diarrhée se répandait rapidement, surtout chez la population de porcs d'engraissement. La propagation était plus lente chez les truies des exploitations d'élevage, et les porcelets en lactation ne tombaient pas malades. Il était même frappant de voir des mères allaitantes qui présentaient une diarrhée sévère alors que leurs porcelets en lactation restaient sains et souffraient seulement de l'agalactie temporaire de leur mère. Les pertes dans les exploitations porcines touchées étaient minimes et l'épisode diarrhéique était auto-limitant. En Belgique, une caractéristique additionnelle était la mort subite de porcs d'engraissement adultes, avec des taux de mortalité de jusque 3%. Ces morts se sont produites chez des porcs souffrant du "syndrome du stress porcin", très courant dans les races belges Landrace et Pietrain à cette époque-là.
La cause de cette nouvelle diarrhée épidémique était supposée d'origine virale car les traitements antibiotiques étaient infructueux, mais toutes les tentatives d'isoler le virus dans des cultures cellulaires ont échoué et, sur la base des examens sérologiques, le vGET était systématiquement exclu comme cause possible. L'origine du " nouveau " virus du début des années 1970 n'a jamais été découverte, mais la possibilité d'un saut du virus d'une autre espèce animale, comme c'est souvent le cas chez les coronavirus, a été considérée et doit l'être encore.
Ce tableau clinique a soudainement changé au milieu des années 1970 lorsque les porcelets eux-aussi tombaient malades de diarrhée. Là, la maladie est devenue totalement similaire à la GET, car les porcelets tombaient malades dans les deux premiers jours de vie. La mortalité chez les porcs, même si elle variait d'une exploitation à l'autre, pouvait atteindre 90% chez les porceletss infectés avant les 6 jours de vie avec une moyenne de 50%. Cette maladie a été alors appelée " diarrhée épidémique porcine " et elle a tout de suite fait l'objet de beaucoup plus d'attention non seulement d'un point de vue pratique mais aussi scientifique.
Les tentatives d'isoler le virus se sont intensifiées et la maladie a été reproduite expérimentalement chez des porcelets exposés à la souche appelée CV777. Le coronavirus causatif a été visualisé au microscope électronique, et la microscopie immuno-électronique a prouvé qu'il était différent des autres coronavirus porcins connus à cette époque-là, le vGET et le virus de l'encéphalite hémagglutinante.
Bien entendu, les analyses génomiques de la " souche TOO " et la CV777 n'ont pu être réalisées à cette époque-là, mais il était clair que le premier virus avait subi un changement génétique qui a eu pour effet une plus grande capacité d'infecter les cellules intestinales des porcelets. Les études de pathogenèse réalisées chez des porcs avec CV777 au moyen de la coloration par immunofluorescence ont montré une similarité frappante avec celle causée par le vGET.
