Réflexions sur 20 ans de SDRP

A l'occasion du 25ème anniversaire de 3tres3, il m'a été demandé de revoir et de réfléchir à l'article que j'avais écrit en 2005 et qui s'intitulait " Eradiquer le virus du SDRP : d'où venons-nous et où allons-nous ? " (en espagnol). La relecture de cet article m'a rappelé de bons souvenirs et la nostalgie d'une époque optimiste où les progrès dans notre connaissance du SDRP étaient significatifs et porteurs d'espoir, en particulier les progrès qui nous ont permis de mieux comprendre comment le virus était transmis, comment nous pouvions l'éliminer et comment nous pouvions empêcher de nouvelles souches d'entrer dans les élevages.

Près de 20 ans plus tard, je suis toujours impressionnée par ce que l'on sait du virus et surtout par ce que l'industrie porcine a fait pour le contrôler, du moins aux États-Unis. Je ne connais pas de maladie porcine qui ait changé plus radicalement les activités quotidiennes des élevages aux États-Unis. Comme on dit chez moi... le SDRP peut déplacer des montagnes ! Si tous les changements apportés aux protocoles de biosécurité, à la gestion du renouvellement, aux normes applicables aux employés ou aux changements structurels de l'entreprise ne sont pas dus au SDRP, ce dernier a été le catalyseur de nombre d'entre eux. Ces changements ont également eu une incidence sur le contrôle et la compréhension d'autres maladies telles que le mycoplasme, la diarrhée épidémique porcine et, plus important encore, ont suscité une attitude d'amélioration et de changement continus qui permet à l'industrie porcine américaine de continuer à être l'une des plus efficaces au monde. En d'autres termes, le SDRP nous a obligés à nous améliorer !

Toutefois, ces progrès ne se sont pas toujours traduits par un contrôle idéal et durable de la maladie. Le virus continue d'évoluer et les défis sont vraiment frustrants, car nous semblons devoir continuer à apprendre les leçons déjà connues et, parfois, de nouveaux chapitres. Le défi est complexe et il l'est encore plus si l'on considère que les facteurs qui entravent le contrôle du SDRP sont structurels, coûteux et changeants.

Où en sommes-nous et où allons-nous ?

Au cours de ces 20 années, nous avons pu observer des changements progressifs qui, à terme, se révèleront être des transformations.

L'un des changements les plus importants est la connaissance qui découle de la capacité à créer de grandes bases de données, à analyser ces données et à mesurer les niveaux de maladie de manière systématique. L'un des systèmes les plus innovants et les plus simples est le projet lancé par le Dr Bob Morrison, de l'université du Minnesota, avec le soutien de vétérinaires et de producteurs qui ont volontairement accepté de partager des données sur le SDRP sur une base hebdomadaire. Le MSHMP (Morrison Swine Health Monitoring Project) partage des données sur l'incidence du SDRP dans des élevages de truies représentant plus de 50 % des éleveurs américains. D'autres bases de données ont suivi cette initiative, en particulier celles qui permettent l'agrégation des données de diagnostic.

Ce qui est important dans ces initiatives, c'est qu'il existe aujourd'hui des collaborations entre les entreprises et les universités qui permettent d'analyser les schémas et les changements du SDRP grâce à l'utilisation de données massives (big data). Ces bases de données peuvent inclure des informations sur les séquences virales, les mouvements d'animaux, l'état de santé, etc. et constituent la base de l'application de l'intelligence artificielle pour déterminer des schémas que nous ne pourrions pas voir si nous devions analyser ces mêmes paramètres au niveau individuel uniquement.

L'accès et la mise en œuvre du big data et des algorithmes statistiques tels que l'apprentissage automatique continueront à révolutionner la manière dont nous comprenons et gérons le SDRP.

Un autre point à souligner dans le domaine du diagnostic est le séquençage de l'ensemble du génome du virus du SDRP. Il existe aujourd'hui des méthodes moins coûteuses pour séquencer le virus, partiellement ou complètement, ce qui nous permet de mieux comprendre les clés génétiques du virus. Des milliers de séquences sont analysées en permanence, ce qui nous permet de déterminer des tendances et des prévisions. Il convient de souligner que le virus du SDRP fait ce qu'il sait faire de mieux : il change, se modifie et de nouvelles souches apparaissent sans cesse. Non seulement le virus mute rapidement, mais il se recombine également, ce qui donne lieu à de nouvelles souches structurellement différentes qui peuvent donner lieu à un SDRP encore plus dévastateur.

Aux États-Unis, de nouvelles souches de SDRP apparaissent tous les 3 à 7 ans, déplaçant d'autres souches et représentant un tremblement de terre en termes de pertes économiques.

Aux États-Unis, nous avons récemment vu apparaître la souche 144 L1C et en Espagne, la fameuse Rosalia, qui nous rappelle que nous ne pouvons pas nous contenter de penser que nous savons déjà comment contrôler le SDRP et que nous devons continuer à nous battre pour le maintenir hors des élevages.

Il est frustrant de voir l'émergence de ces nouvelles souches alors que l'on pensait savoir maîtriser le virus ! L'émergence de ces souches me rappelle que le contrôle du SDRP doit inclure les porcs de post-sevrage et de finition. Nous savons comment éliminer le virus sur le site 1, et nous pouvons le faire relativement rapidement et facilement, mais ce que nous ne savons pas faire de manière cohérente, c'est contrôler le SDRP en post-sevrage. Trois points sont nécessaires :

• sevrer les porcelets négatifs
• empêcher l'entrée de nouvelles souches (biosécurité)
• diminuer/empêcher la réplication virale chez ces animaux.

Nous avons besoin de solutions pharmaceutiques, qu'il s'agisse de produits antiviraux ou de vaccins protecteurs, qui réduisent de manière significative la charge virale, protègent contre plusieurs souches et stoppent la transmission du virus.

La frustration de la biosécurité : le défi de la mettre en œuvre de manière systématique, simple, cohérente et peu coûteuse

Mon sujet préféré, mais aussi le plus frustrant, est celui de la "biosécurité". Bien que nous ayons beaucoup progressé dans la compréhension de la manière dont le virus se déplace et que les entreprises de production aient mis en œuvre des protocoles de biosécurité efficaces dans de nombreux cas, nous devons reconnaître que les systèmes de production sont complexes et que la chaîne de production comporte de nombreux points critiques qui sont fragiles et doivent être systématiquement renforcés. Les mesures de biosécurité telles que la filtration de l'air, la ségrégation, le lavage et la désinfection des camions sont essentielles, mais le défi reste de les mettre en œuvre de manière systématique, simple, cohérente et peu coûteuse. À l'avenir, nous continuerons à voir des entreprises mettre en œuvre des programmes de biosécurité de manière efficace, tant que le retour sur investissement des mesures de biosécurité peut être justifié. Ce que nous avons appris, c'est qu'avant de lancer des programmes d'élimination du virus, nous devons d'abord mettre en place des mesures préventives de biosécurité dans les élevages. En d'autres termes, comme on dit en anglais, il ne faut pas mettre la charrue avant les bœufs !

Enfin, je ne peux pas ne pas mentionner l'importance d'avoir des animaux résistants au virus du SDRP. Ce qui semblait relever de la science-fiction est aujourd'hui une réalité grâce à l'utilisation de technologies permettant d'éditer le génome du porc. Il a été démontré qu'en modifiant le récepteur qui permet l'infection par le SDRP (récepteur CD 163), les porcs ne sont pas infectés. Cette réussite scientifique doit être célébrée et peut représenter un changement transformationnel dans la manière d'aborder le contrôle du SDRP. Cependant, la science et la consommation de produits technologiquement modifiés ne vont pas toujours de pair, et on ne sait pas comment les consommateurs réagiront à la connaissance du fait que la viande de porc a pu être génétiquement modifiée. En d'autres termes, il y a beaucoup d'incertitude quant à savoir si les porcs résistants au SDRP occuperont réellement une place importante sur le marché américain.

Quels autres éléments devrions-nous prendre en considération ?

Le coût du SDRP est trop important pour être ignoré. Nous devons continuer à chercher comment mettre en œuvre de meilleures mesures de contrôle et nous concentrer sur la prévention des infections non seulement sur le site 1, mais aussi dans la phase de post-sevrage, afin de pouvoir ensuite envisager des programmes d'élimination au niveau du système, de la région ou du pays. Les programmes d'élimination régionaux ne seront possibles que si nous renforçons d'abord la biosécurité et la collaboration. Enfin, il faut s'attendre à une meilleure compréhension des aspects génétiques et antigéniques des virus grâce aux bases de données et aux analyses rendues possibles par l'intelligence artificielle. Ces analyses peuvent être la clé du développement de nouveaux vaccins, de nouveaux produits antiviraux ou de nouvelles connaissances qui nous permettront d'empêcher plus efficacement le virus de circuler entre les élevages.

J'aimerais conclure cet article en prédisant que dans 20 ans, le virus du SDRP ne représentera plus un défi pour l'industrie porcine, mais je suis convaincue qu'il continuera à être présent et à poser des problèmes. Les producteurs et les vétérinaires continueront à produire des informations essentielles pour faire progresser la lutte contre le SDRP et ces connaissances permettront de progresser dans la lutte contre d'autres maladies ayant également un impact sur l'industrie porcine. Espérons que les progrès seront significatifs pour les producteurs afin d'améliorer leur compétitivité et l'état sanitaire de leurs élevages !