Quel est le rôle de la gestion du fumier dans l'épidémiologie du SDRP ?

Selon le Morrison Swine Health Monitoring Project (MSHMP) de l'Université du Minnesota (UMN), 40 % des fermes d'élevage ont connu une épidémie de syndrome dysgénésique et respiratoire porcin ( SDRP) dans le mois qui a suivi l'agitation des fosses à lisier et/ou des bassin de lagunage. Cette statistique alarmante met en évidence la relation complexe entre la gestion du lisier et la propagation du virus du SDRP (SDRPv). Alors que les chercheurs approfondissent l'épidémiologie de cette maladie coûteuse, le rôle du lisier en tant que vecteur potentiel fait l'objet d'un examen de plus en plus minutieux. Dans cet article, nous explorons les informations disponibles sur la relation entre l'apparition du SDRP et cette pratique courante.

Quinze années de données permettent au MSHMP d'affirmer avec certitude que le SDRP est une maladie cyclique et saisonnière (figure 1). Aux États-Unis, le début de la phase épidémique annuelle se produit chaque année à l'automne, lorsque la plupart des cas sont signalés, et culmine entre janvier et février, lorsque la fréquence des cas commence à diminuer. Cependant, un deuxième pic de cas se produit également à la fin du printemps et au début de l'été, qui n'est pas toujours évident et qui comporte généralement moins de cas. Ces deux périodes coïncident avec les pratiques de brassage, de vidange et d'application du lisier comme engrais dans les champs.

Étude sur la gestion du lisier et les foyers de SDRP

Le rôle du lisier dans la propagation du virus du SDRP et, par conséquent, dans l'apparition d'un foyer clinique de SDRP est un thème récurrent depuis que la maladie a été identifiée pour la première fois. Cependant, ce n'est qu'en 2020 que la relation temporelle entre les pratiques de gestion du lisier et la probabilité que les élevages déclarent un foyer de SDRP a été définitivement démontrée. L'étude, menée entre juillet 2019 et juin 2020, a recueilli des informations liées à la gestion du lisier auprès de 150 élevages de truies ayant connu une épidémie. La vidange des fosses dans ces élevages américains a eu lieu principalement au cours des mois d'octobre (40), d'avril (29) et de novembre (24).

En outre, les résultats indiquent qu'après l'homogénéisation et la vidange de la fosse à lisier :

• 25 % des élevages ont connu un foyer de SDRP dans les 15 premiers jours suivant la vidange.
• 40 % des élevages ont connu un foyer de SDRP au cours des 30 premiers jours.
• Le risque d'apparition d'un foyer de SDRP au cours des 15 premiers jours suivant la manipulation du lisier était 12 fois plus élevé que pendant le reste de l'année.

Ce risque s'est maintenu dans les différentes conditions analysées, y compris les différentes saisons, les types de stockage du lisier (par exemple, fosse ou cuve), la localisation de l'élevage (par exemple, régions à forte densité porcine ou à faible densité), le recensement de l'élevage et le statut du SDRP au moment de l'apparition du foyer. Parmi les hypothèses susceptibles d'expliquer ce phénomène, citons l'augmentation de l'activité d'épandage de lisier dans les champs voisins, l'absence de mesures de biosécurité ou l'exposition au virus résiduel présent dans le lisier. Toutefois, les mécanismes exacts restent inconnus.

Excrétion et survie du SDRPv dans le lisier

Malgré le nombre limité d'études sur l'excrétion du SDRPv dans l'urine et les fèces, il existe quelques résultats pertinents :

• Une étude réalisée en 1993 par Yoon et al. a montré que le SRRPv était excrété dans les fèces des animaux infectés jusqu'à 35 jours, avec une récupération plus fréquente dans les fèces que dans les écouvillons nasaux.
• Montoya et al. 2024 ont détecté le virus jusqu'à huit et dix semaines après l'infection dans des échantillons de lisier et des échantillons rectaux respectivement. Cependant, probablement en raison de la faible quantité de virus et de la complexité des échantillons, il n'a pas été possible de récupérer un virus viable.

L'excrétion du SDRPv par les fèces est intermittente et de faible quantité, ce qui suggère une faible survie dans le lisier.

Cela a été corroboré expérimentalement :

• Pirtle et Beran (1996) n'ont récupéré du virus viable que le premier jour après avoir ajouté le SDRPv à une suspension de lisier.
• Dee et al. (2005) ont évalué la viabilité et l'infectiosité du SDRPv dans une suspension de lisier. Les résultats ont montré que la survie du virus était relativement courte (un à huit jours) et dépendait de la température. Les porcs en contact avec ces échantillons ont été infectés.
• L'effet de la température a également été quantifié par Linhares et al. (2012), montrant que plus la température du lisier est élevée, plus la demi-vie du SDRPv dans le lisier est courte.

Compréhension de l'« effet de voisinage » et de l'aérosolisation virale

Si le virus du SDRP est excrété et survit si peu dans les fèces et le lisier, comment les pratiques de gestion du lisier peuvent-elles être liées aux foyers de SDRP ? L'une des hypothèses est l'effet dit « de voisinage », selon lequel les exploitations géographiquement proches présentent un risque plus élevé de transmission de la maladie en raison de facteurs communs tels que les conditions environnementales et les mouvements d'animaux, de personnes et d'équipements. Dans certaines régions des États-Unis (par exemple le Midwest), la période de brassage du lisier est très courte et concentrée à des moments précis. Cela signifie qu'il y a beaucoup de tracteurs qui chargent, déplacent et appliquent le lisier dans la région. Tous ces déplacements et épandages de lisier peuvent augmenter la pression d'infection en raison de l'aérosolisation du lisier (dans l'exploitation ou hors de l'exploitation) et de la contamination des champs et des routes avoisinants en raison de la circulation constante de véhicules chargés de lisier (tracteurs ou camions-citernes).

C'est précisément pour étudier la présence de différents virus dans le lisier que des chercheurs de l'UMN ont estimé la prévalence du SDRPv et de différents coronavirus porcins dans des échantillons de lisier provenant d'élevages de porcs (Montoya et al., 2021).

Tableau 1 : Pourcentage d'échantillons positifs (RT-PCR) dans 385 échantillons de lisier prélevés dans des fosses d'élevages du Minnesota et de l'Iowa.

*Les échantillons positifs pour le SDRPv avaient une valeur moyenne de Ct de 37,56, avec une fourchette comprise entre 35,48 et 39,57, ce qui indique généralement une faible charge virale. Il n'a pas été possible d'isoler le SDRPv. Adapté de Montoya et al, 2021.

Implications et étapes suivantes

Ces résultats soulignent le rôle potentiel des pratiques de gestion du lisier dans la transmission du virus et l'importance d'appliquer des mesures strictes de biosécurité lors de la manipulation du lisier pour atténuer le risque de SRRP. Il est nécessaire de mieux comprendre ce phénomène et de poursuivre les recherches sur le rôle du lisier dans l'épidémiologie du SDRPv afin d'élaborer des stratégies de prévention et de contrôle efficaces.

Des recherches supplémentaires sur la manière d'améliorer les méthodes de détection et d'isolement du virus dans les échantillons de lisier, ainsi qu'une meilleure compréhension de l'effet de voisinage et l'exploration des implications de l'application et de l'épandage simultanés de lisier par plusieurs exploitations, pourraient fournir les connaissances nécessaires pour démêler la dynamique complexe de la transmission du virus du SDRP.